Ազգային-ազատագրական շարժմանը մասնակցելու համար Սուլթան Համիդը նրան աքսորել էր Երուսաղեմ, սակայն դա չխանգարեց, որ Հայրիկն ընտրվի կաթողիկոս։

Կաթողիկոս ընտրվելուց հետո էլ Խրիմյան Հայրիկը շարունակեց պայքարել Հայաստանի անկախության համար, օգնել արևմտահայ եղբայրներին և կառուցեց 100 նոր եկեղեցի։ Նա ըմբոստացավ ցարական որոշումների դեմ և հասավ նրան, որ վերադարձրեց եկեղեցու բռնագրավված ունեցվածքը։ Սուրբ Էջմիածնի ֆինանսական միջոցներով նա օգնում էր արևմտահայերին, որով նրանք զենք առան և հետագայում Եղեռնի օրերին դիմադրեցին թուրքերին։

Չնայած խիստ հսկողությանը, Խրիմյան Հայրիկը այդտեղ ևս ծավալել է հասարակական գործունեություն։ Կրոնական ժողովի ատենապետ Մկրտիչ Խրիմյանը Համագումար ժողովի անունից բողոքագիր է ներկայացրել Բ. Դռանը։ 1890 թվականի Կ. Պոլսի Գում գափուի ցույցից հետո թուրքական կառավարությունը նրան աքսորել է Երուսաղեմ։

1892-ի մայիսին ընտրվել է Ամենայն հայոց կաթողիկոս, սակայն սուլթանը չի համաձայնել նրան թուրքահպատակությունից ազատել, և միայն 13 ամիս անց ռուսական ցարի միջնորդությամբ նրան թույլատրվել է ժամանել Էջմիածին։ Նա նաև բողոքել է 1894-1896 թվականների համիդյան ջարդերի դեմ, ցարական արքունիքին հղած տարբեր խնդրագրերով ապահովել հանգանակությունների իրականացումը ռուսական կայսրության հայաբնակ տարածքներում։

Նա մեծ ջանքեր է ներդրել կոտորածներից մազապուրծ գաղթականության ֆիզիկական գոյությունն ապահովելու և վերստին երկիր վերադարձնելու համար։ Եռանդուն պայքար է մղել հայ եկեղեցապատկան կալվածքները բռնագրավելու մասին ցարական կառավարության 1903 թվականի հունիսի 12-ի օրենքի կենսագործման դեմ։ Նրա օրոք Էջմիածնում կառուցվել են նոր հյուրանոց, Սինոդի նոր շենք, թանգարան, նոր մատենադարան։ Նորացել և հարդարվել են Սուրբ Հռիփսիմե և Սուրբ Գայանե եկեղեցիները։